Jmol

Jmol ist ein Programm zur räumlichen Darstellung von Molekülen. Es steht unter der LGPL und wird aktiv entwickelt. Da es in Java programmiert wurde, ist es weitgehend plattformunabhängig. Die Java-Applets von Jmol werden seit langer Zeit bei der Darstellung von Molekülen im Webbrowser verwendet. Inzwischen gibt es eine JavaScript-Variante, die auf HTML5 beruht und daher auch auf Mobil-Geräte genutzt werden kann. Allerdings benötigt man dazu einen Server.

Mit Jmol ist vor allem die für die Darstellung von Molekülen gedacht. Es gibt zwar Editiermöglichkeiten, aber die sind nicht sehr umfangreich und nicht so praktisch.

Die Software bietet verschiedene Darstellungsmöglichkeiten, wie Stab-, Kugel-Stab-, und Kalottenmodell, Punktwolke und Van-der-Waals-Oberfläche. Vieles kann in Jmol mit der Maus gesteuert werden, beispielsweise lassen sich die Molekülen und um alle Raumachsen drehen und in der Größe verändern. Außerdem kann man Atomabstände und Winkel vermessen. Darüber hinaus verfügt Jmol über eine eigene Scriptsprache, die auch das Erstellen von Animationen und ermöglicht.

Auch wenn die Darstellung einer interaktiven Zeichnung ohne einen Server nicht möglich ist, so hat Jmol dennoch Funktionen, die eine lokale Nutzung sinnvoll macht. So können auch vereinfachte Orbitale oder freie Elektronenpaare in ihren Orbitalen dargestellt werden.

Das Scripting-Fenster in Jmol

Wer sich nicht im Wiki anmelden will kann das Scripting auch nutzen, um in der Java-Software Jmol z.B. Orbitale darzustellen. Weitere Gründe ist die schnellere Möglichkeit etwas auszuprobieren. Im Wiki müsste man immer die Seite abspeichern was immer etwas Zeit kostet. Außerdem kann es bei einem schwerwiegende Schreibfehler passieren, dass die vorher eingetippten Befehle nicht abgespeichert werden und man alles neu eintippten muss. Dagegen kann man in Jmol alles ausprobieren und bekommt direkt das Ergebnis ... oder eben den Misserfolg.

Scripte lassen sich in Jmol auf zwei Weisen ausführen:

1. Über die Scriptkonsole kann man nach und nach die Befehle eingeben und deren Wirkung sehen. Praktisch zum Ausprobieren!
2. Mit dem Scripteditor kann man Scripte, die aus mehreren Befehle bestehen, eingeben und auch später ausführen. Wurde noch nicht getestet!

Aufruf der Script-Konsole		Script-Konsole in einem Extra-Fenster