Jmol

Jmol ist ein Programm zur räumlichen Darstellung von Molekülen. Es steht unter der LGPL und wird aktiv entwickelt. Da es in Java programmiert wurde, ist es weitgehend plattformunabhängig. Die Java-Applets von Jmol werden seit langer Zeit bei der Darstellung von Molekülen im Webbrowser verwendet. Inzwischen gibt es eine JavaScript-Variante, die auf HTML5 beruht und daher auch auf Mobil-Geräte genutzt werden kann. Allerdings benötigt man dazu einen Server.

Mit Jmol ist vor allem die für die Darstellung von Molekülen gedacht. Es gibt zwar Editiermöglichkeiten, aber die sind nicht sehr umfangreich und nicht so praktisch.

Die Software bietet verschiedene Darstellungsmöglichkeiten, wie Stab-, Kugel-Stab-, und Kalottenmodell, Punktwolke und Van-der-Waals-Oberfläche. Vieles kann in Jmol mit der Maus gesteuert werden, beispielsweise lassen sich die Molekülen und um alle Raumachsen drehen und in der Größe verändern. Außerdem kann man Atomabstände und Winkel vermessen. Darüber hinaus verfügt Jmol über eine eigene Scriptsprache, die auch das Erstellen von Animationen und ermöglicht.

Auch wenn die Darstellung einer interaktiven Zeichnung ohne einen Server nicht möglich ist, so hat Jmol dennoch Funktionen, die eine lokale Nutzung sinnvoll macht. So können auch vereinfachte Orbitale oder freie Elektronenpaare in ihren Orbitalen dargestellt werden.